The table below shows the manually annotated regions and sites from the NTNU Bioinformatics TF ChIP-seq benchmark data set. The top row of colored regions in each plot shows the original benchmark data from the classified_peaks_*.txt files, whereas the bottom row shows the "corrected" regions that can be used to compute true and false positive rates via the PeakError R package.

I used bedtools genomecov -g hg18.txt -i sorted.bed -bga to make the coverage profiles (bedtools-2.22.1). All of these data can be downloaded in RData format, and plotted using R code such as

## works_with_R is in https://github.com/tdhock/dotfiles/blob/master/.Rprofile
works_with_R("3.2.2",
             dplyr="0.4.2",
             "tdhock/ggplot2@a8b06ddb680acdcdbd927773b1011c562134e4d2",
             "tdhock/animint@4257e8cf76eb5021a98010b6629b779a4f383b24")#tallrect

if(!file.exists("TF.benchmark.corrected.RData")){
  download.file(
    "http://cbio.ensmp.fr/~thocking/table-TF-benchmark/TF.benchmark.corrected.RData",
    "TF.benchmark.corrected.RData")
}
load("TF.benchmark.corrected.RData")

## Define color for legends.
ann.colors <-
  c(ambiguous="grey",
    noPeaks="#f6f4bf",
    peakStart="#ffafaf",
    peakEnd="#ff4c4c",
    onePeak="deepskyblue",
    peaks="#a445ee")
strand.colors <- c("+"="black", "-"="grey50")

## Define data subset to plot.
tf.name <- "max"
region.id <- 284
chunk.name <- paste0(tf.name, "/", region.id)
one <- TF.benchmark.corrected[[tf.name]][[chunk.name]]
clist <- split(one$coverage, one$coverage$strand)

## Define text labels for sites facet.
class.code <-
  c("-1"="false site",
    "0"="ambiguous",
    "1"="true site")
sites <- one$sites %>%
  mutate(experiment=tf.name,
         sample.id="sites")
first.site <- sites %>%
  group_by(experiment, sample.id, classification) %>%
  filter(seq_along(chromStart) == which.min(chromStart)) %>%
  mutate(label.or.na=class.code[as.character(classification)],
         label.nospace=ifelse(is.na(label.or.na),
           paste("ambiguous true cluster", classification),
           label.or.na),
         label=paste0(label.nospace, " "))

sites.coverage <- 
  ggplot()+
  ylab("count of aligned sequence reads, site code")+
  ggtitle(chunk.name)+
  geom_hline(aes(yintercept=classification),
             color="grey",
             data=data.frame(experiment=tf.name,
               sample.id="sites",
               classification=c(0.5, -0.5)))+
  theme_bw()+
  theme(panel.margin=grid::unit(0, "cm"))+
  facet_grid(experiment + sample.id ~ ., scales="free")+
  scale_fill_manual("annotation", values=ann.colors,
                    breaks=names(ann.colors))+
  scale_color_manual(values=strand.colors,
                     breaks=names(strand.colors))+
  xlab(paste("position on hg18", one$coverage$chrom[1]))+
  geom_tallrect(aes(xmin=chromStart, xmax=chromEnd,
                    fill=annotation),
                ymin=0.5, ymax=1,
                data=one$regions,
                color="grey",
                alpha=0.5)+
  geom_tallrect(aes(xmin=chromStart, xmax=chromEnd,
                    fill=annotation),
                ymin=0, ymax=0.5,
                data=one$corrected.regions,
                color="grey",
                alpha=0.5)+
  geom_step(aes(i.chromStart, count, color=strand), data=clist[["+"]])+
  geom_step(aes(i.chromStart, -count, color=strand), data=clist[["-"]])+
  geom_segment(aes(chromStart, classification, 
                   xend=chromEnd, yend=classification),
               data=sites,
               size=4)+
  geom_text(aes(chromStart, classification, 
                label=label),
            data=first.site,
            hjust=1, size=3)
print(sites.coverage)

	tf.name	region.id	total	strands
1	max	0
2	max	1
3	max	2
4	max	3
5	max	4
6	max	5
7	max	6
8	max	7
9	max	8
10	max	9
11	max	10
12	max	11
13	max	12
14	max	13
15	max	14
16	max	15
17	max	16
18	max	17
19	max	18
20	max	19
21	max	20
22	max	21
23	max	22
24	max	23
25	max	24
26	max	25
27	max	26
28	max	27
29	max	28
30	max	29
31	max	30
32	max	31
33	max	32
34	max	33
35	max	34
36	max	35
37	max	36
38	max	37
39	max	38
40	max	39
41	max	40
42	max	41
43	max	42
44	max	43
45	max	44
46	max	45
47	max	46
48	max	47
49	max	48
50	max	49
51	max	50
52	max	51
53	max	52
54	max	53
55	max	54
56	max	55
57	max	56
58	max	57
59	max	58
60	max	59
61	max	60
62	max	61
63	max	62
64	max	63
65	max	64
66	max	65
67	max	66
68	max	67
69	max	68
70	max	69
71	max	70
72	max	71
73	max	72
74	max	73
75	max	74
76	max	75
77	max	76
78	max	77
79	max	78
80	max	79
81	max	80
82	max	81
83	max	82
84	max	83
85	max	84
86	max	85
87	max	86
88	max	87
89	max	88
90	max	89
91	max	90
92	max	91
93	max	92
94	max	93
95	max	94
96	max	95
97	max	96
98	max	97
99	max	98
100	max	99
101	max	100
102	max	101
103	max	102
104	max	103
105	max	104
106	max	105
107	max	106
108	max	107
109	max	108
110	max	109
111	max	110
112	max	111
113	max	112
114	max	113
115	max	114
116	max	115
117	max	116
118	max	117
119	max	118
120	max	119
121	max	120
122	max	121
123	max	122
124	max	123
125	max	124
126	max	125
127	max	126
128	max	127
129	max	128
130	max	129
131	max	130
132	max	131
133	max	132
134	max	133
135	max	134
136	max	135
137	max	136
138	max	137
139	max	138
140	max	139
141	max	140
142	max	141
143	max	142
144	max	143
145	max	144
146	max	145
147	max	146
148	max	147
149	max	148
150	max	149
151	max	150
152	max	151
153	max	152
154	max	153
155	max	154
156	max	155
157	max	156
158	max	157
159	max	158
160	max	159
161	max	160
162	max	161
163	max	162
164	max	163
165	max	164
166	max	165
167	max	166
168	max	167
169	max	168
170	max	169
171	max	170
172	max	171
173	max	172
174	max	173
175	max	174
176	max	175
177	max	176
178	max	177
179	max	178
180	max	179
181	max	180
182	max	181
183	max	182
184	max	183
185	max	184
186	max	185
187	max	186
188	max	187
189	max	188
190	max	189
191	max	190
192	max	191
193	max	192
194	max	193
195	max	194
196	max	195
197	max	196
198	max	197
199	max	198
200	max	199
201	max	200
202	max	201
203	max	202
204	max	203
205	max	204
206	max	205
207	max	206
208	max	207
209	max	208
210	max	209
211	max	210
212	max	211
213	max	212
214	max	213
215	max	214
216	max	215
217	max	216
218	max	217
219	max	218
220	max	219
221	max	220
222	max	221
223	max	222
224	max	223
225	max	224
226	max	225
227	max	226
228	max	227
229	max	228
230	max	229
231	max	230
232	max	231
233	max	232
234	max	233
235	max	234
236	max	235
237	max	236
238	max	237
239	max	238
240	max	239
241	max	240
242	max	241
243	max	242
244	max	243
245	max	244
246	max	245
247	max	246
248	max	247
249	max	248
250	max	249
251	max	250
252	max	251
253	max	252
254	max	253
255	max	254
256	max	255
257	max	256
258	max	257
259	max	258
260	max	259
261	max	260
262	max	261
263	max	262
264	max	263
265	max	264
266	max	265
267	max	266
268	max	267
269	max	268
270	max	269
271	max	270
272	max	271
273	max	272
274	max	273
275	max	274
276	max	275
277	max	276
278	max	277
279	max	278
280	max	279
281	max	280
282	max	281
283	max	283
284	max	284
285	max	285
286	max	286
287	max	287
288	max	288
289	max	289
290	max	290
291	max	291
292	max	292
293	max	293
294	max	294
295	max	295
296	max	296
297	max	297
298	max	298
299	max	299
300	max	300
301	max	301
302	max	302
303	max	303
304	max	304
305	max	305
306	max	306
307	max	307
308	max	308
309	max	309
310	max	310
311	max	311
312	max	312
313	max	313
314	max	314
315	max	315
316	max	316
317	max	317
318	max	318
319	max	319
320	max	320
321	max	321
322	max	322
323	max	323
324	max	324
325	max	325
326	max	326
327	max	327
328	max	328
329	max	329
330	max	330
331	max	331
332	max	332
333	max	333
334	max	334
335	max	335
336	max	336
337	max	337
338	max	338
339	max	339
340	max	340
341	max	341
342	max	342
343	max	343
344	max	344
345	max	345
346	max	346
347	max	347
348	max	348
349	max	349
350	max	350
351	max	351
352	max	352
353	max	353
354	max	354
355	max	355
356	max	356
357	max	357
358	max	358
359	max	359
360	max	360
361	max	361
362	max	362
363	max	363
364	max	364
365	max	365
366	max	366
367	max	367
368	max	368
369	max	369
370	max	370
371	max	371
372	max	372
373	max	373
374	max	374
375	max	375
376	max	376
377	max	377
378	max	378
379	max	379
380	max	380
381	max	381
382	max	382
383	max	383
384	max	384
385	max	385
386	max	386
387	max	387
388	max	388
389	max	389
390	max	390
391	max	391
392	max	392
393	max	393
394	max	394
395	max	395
396	max	396
397	max	397
398	max	398
399	max	399
400	max	400
401	max	401
402	max	402
403	max	403
404	max	404
405	max	405
406	max	406
407	max	407
408	max	408
409	max	409
410	max	410
411	max	411
412	max	412
413	max	413
414	nrsf	0
415	nrsf	1
416	nrsf	2
417	nrsf	3
418	nrsf	4
419	nrsf	5
420	nrsf	6
421	nrsf	7
422	nrsf	8
423	nrsf	9
424	nrsf	10
425	nrsf	11
426	nrsf	12
427	nrsf	13
428	nrsf	14
429	nrsf	15
430	nrsf	16
431	nrsf	17
432	nrsf	18
433	nrsf	19
434	nrsf	20
435	nrsf	21
436	nrsf	22
437	nrsf	23
438	nrsf	24
439	nrsf	25
440	nrsf	26
441	nrsf	27
442	nrsf	28
443	nrsf	29
444	nrsf	30
445	nrsf	31
446	nrsf	32
447	nrsf	33
448	nrsf	34
449	nrsf	35
450	nrsf	36
451	nrsf	37
452	nrsf	38
453	nrsf	39
454	nrsf	40
455	nrsf	41
456	nrsf	42
457	nrsf	43
458	nrsf	44
459	nrsf	45
460	nrsf	46
461	nrsf	47
462	nrsf	48
463	nrsf	49
464	nrsf	50
465	nrsf	51
466	nrsf	52
467	nrsf	53
468	nrsf	54
469	nrsf	55
470	nrsf	56
471	nrsf	57
472	nrsf	58
473	nrsf	59
474	nrsf	60
475	nrsf	61
476	nrsf	62
477	nrsf	63
478	nrsf	64
479	nrsf	65
480	nrsf	66
481	nrsf	67
482	nrsf	68
483	nrsf	69
484	nrsf	70
485	nrsf	71
486	nrsf	72
487	nrsf	73
488	nrsf	74
489	nrsf	75
490	nrsf	76
491	nrsf	77
492	nrsf	78
493	nrsf	79
494	nrsf	80
495	nrsf	81
496	nrsf	82
497	nrsf	83
498	nrsf	84
499	nrsf	85
500	nrsf	86
501	nrsf	87
502	nrsf	88
503	nrsf	89
504	nrsf	90
505	nrsf	91
506	nrsf	92
507	nrsf	93
508	nrsf	94
509	nrsf	95
510	nrsf	96
511	nrsf	97
512	nrsf	98
513	nrsf	99
514	nrsf	100
515	nrsf	101
516	nrsf	102
517	nrsf	103
518	nrsf	104
519	nrsf	105
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521	nrsf	107
522	nrsf	108
523	nrsf	109
524	nrsf	110
525	nrsf	111
526	nrsf	112
527	nrsf	113
528	nrsf	114
529	nrsf	115
530	nrsf	116
531	nrsf	117
532	nrsf	118
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534	nrsf	120
535	nrsf	121
536	nrsf	122
537	nrsf	123
538	nrsf	124
539	nrsf	125
540	nrsf	126
541	nrsf	127
542	nrsf	128
543	nrsf	129
544	nrsf	130
545	nrsf	131
546	nrsf	132
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